2032年、突如巨大昆虫が新種として発見された日本。人類はその日から、昆虫と人類の関係と立場が逆転し、昆虫の餌として狙われることとなった。巨大昆虫の名は"ギリアン"。 それから16年。 ギリアンを退けるため設立された国立聖十字高校で少年少女が育成されギリアンとの戦争へ―。