人と機械の戦争が終結した後の世界。 されど、『人類連合』と『機械帝国』の争いは続く。 人と機械が共存する国『真日本』の学生『小此木 葵』は、愛する妹『柚里』と共に平凡に暮らしていたが、テロに巻き込まれ、父親が秘密裏に開発していた巨大人型兵器【SLAVE/GEAR】（スレイブ・ギア）に乗り、敵と戦う事になる。 次々に迫り来る敵と、次々に増えてゆく妹。兄妹を待ち受ける運命とは……