その日、慰霊旅団『アーセナル』は仕事でとある町に辿り着いた。 そこは三日前に人類の天敵『宇宙恐竜』によって滅ぼされた町だった。 団員として仕事をこなす少年ソーマ・イーゲルニッヒは森の奥で、唯一の生き残りの少女ココ・バレンタインと出会う。 その夜、彼らの滞在する町に再び宇宙恐竜が現れ――