「科学」に不信を抱き大学を休学した池田哲のもとに、かつての同級生・藤崎雪葉が訪ねてきた。彼女は池田に一本の鍵を預け、謎の解明を依頼して去る。謎がある場所は雪葉の祖父が建てた、時計塔のある図書館だった。そして喪失と再生の物語が始まる！