人に異能を芽生えさせる宝石”クリスタルライト”。しかし、多くの人が異能力者になれるわけではない、クリスタルライトの数には限りがある。異能力者になる方法は、異能力者を殺し、クリスタルライトを奪うしかない。 主人公のみもりはひょんなことからクリスタルライトを触ってしまい、異能力を得る。 そんなある日、死んだはずのみもりの旧友の黒百合が姿を現す。彼女はクリスタルライトにより、世界が書き変えられたと話す。彼女と再開したことにより、みもりの日常は急変する。 黒百合の目的、異能力組織、黒のクリスタル、世界改変の謎、そしてクリスタルクリア。 みもりが辿り着く世界…それはいったい何か…？