大怪獣によって地上を蹂躙され、人類が地下で生きるようになった世界。怪獣を討伐し地上を奪還するために設立された『特務隊』では、怪獣との熾烈な殺し合いが続いていた。 怪獣討伐のヒントを得るため、過去に討伐した大怪獣『戦艦亀』の調査に派遣された一団。順調に進んでいたように見えた調査は、一人の隊員の死によって崩壊を迎え――怪獣の存在する世紀末世界でのサバイバルミステリーここに開幕。