2141年。遺伝学者：雲類鷲 京により、病を克服した理想の人類、通称「ネフィス」が誕生した。ネフィスの技術は世界に浸透し、健康な子供を持ちたいと願う人々は大金を惜しまず自らの子供をネフィスとしてこの世に生を受けさせた。 しかし、第一世代のネフィスが30代を過ぎた頃に彼らが次々と死亡した事で状況は一変。すでに故人となった雲類鷲 京の発足した遺伝学者の組織「フォーミュラ」は世界からネフィスの異常な短命についての説明と賠償を求められ組織存続の危機に晒される。 ところがある日、雲類鷲 京の孫娘：依桜がフォーミュラの代表に就任した事により、施設に集めたネフィス達の延命治療が開始された。 アーキタイプ(旧人類)である主人公の粼 馮景《せせらぎ ふうけい》は、ネフィスの幼馴染が延命治療に出てから1年もの間連絡が取れないことに不信感を抱き、単身フォーミュラの施設行きのクルーザーに乗り込んだ。 しかし、クルーザーは途中謎の事故により座礁。 命からがら粼が辿り着いたのは正体不明の無人島。 だが、その島では治療の為に施設に送られたはずのネフィス達がサバイバル生活を送っていた。 粼は共に島に漂着したネフィの女性：澄川カンナと共に、サバイバル生活を通しネフィスという存在の意義を考え、フォーミュラの陰謀に迫る！