「みなのもの おつげはあった……まもなく 木々羅（ギギラ）様がめざめるであろう そして悪魔のような人間を 滅ぼすであろう」――教祖の言葉に歓喜する信者たち。同じ頃、都市開発の進む「新東京」では地中から現れた巨大な怪獣・ギギラが人々を襲い始める。大企業・KRグループの社長は、人類を滅ぼそうとするギギラの始末を宣言する。しかしギギラ教と社長の間には深い因縁があり……。