十二体の機械生命体”機殻（シェル）”の体内で人間が暮らしている世界。ある日、機殻の一つ【破炎（はえん）】に住む少年トゥリアは機殻をコントロールする巫女の一人、エアラと出会う。エアラを追ってトゥリアは不思議な樹を見つけ、手を触れるが、その直後第十二機殻【破炎（はえん）】を目覚めさせてしまう。 一方、最強の巫女で巫女たちのリーダーのレイオン・リヴォルフは【破炎（はえん）】を目覚めさせたエアラを追いはじめた。