二〇三九年。七柱の超巨大ロボット「機神」が地球各地に降臨した。 そのうちの一柱が日本に降臨すると、特殊能力者と謎の新興宗教が突如として現れる。この宗教団体は機神から下賜された兵器を操ることで、瞬く間に日本を支配下へと置き、独裁を敷いた。 そして四年後、二〇四三年。 主人公・カラトは目覚めたチカラによって、そして自分の両親を殺した幼馴染にして宗教団体「神械結社」の創立者・カイに復讐するため、能力者たちの組織と協力し、神械結社と戦っていく。