母の死をきっかけに伯母夫婦に引き取られることになった中学生の篠崎(しのざき)ニノは、母の実家である野伊津町(のいづちょう)の神社に引っ越してくる。  そこでニノは謎の美少年・シイバと出会った。 シイバは伯母夫婦の養子で、彼も一緒に住むことになるらしい。 突然同年代の少年と住むこととなり、戸惑うニノ。 しかもシイバと仲良くしようと試みても、彼にツンケンな態度を取られる一方で、 シイバとなかなか距離を縮められない翌日のこと。 伯母にお使いを頼まれたニノは一人で外出するが、その帰り道、  摩訶不思議な生き物――『あやかし』に襲われる。 しかし、絶体絶命のニノの前に突如現れたシイバが『あやかし』を瞬殺した。 実はシイバ自身も人間と天狐の半妖で、あらかじめニノの母からニノを『あやかし』から守るように頼まれていた者だった。 母の高い神力を継いでいるニノはこれからも『あやかし』に襲われ続けるだろう。 そうシイバに言われ最初は困惑するニノだったが、転校先での新しい友達や蛇神やコトコトを初めとした味方の『あやかし』と出会い、少しずつ新たな生活を受け入れていく。 そんなある日のこと、ニノは死んだはずの母の姿を見かけてしまいーー？ 半妖・シイバとあやかしが見える中学生・ニノが送る、ちょっと妖しい物語。