空が戦争による灰に覆われ、冷え切った地球では、寒霊と呼ばれる意志持つ冷気が人々を支配するようになった。 寒霊によって支配されたある集落を訪れたヤマトは、そこで母と暮らす少年アタルと出会う。 ヤマトは父の遺した発明品と武器を用いて寒霊を打倒し、集落を解放するが、すぐに立ち去る。 彼の肉体はすでに死んでおり、敵である寒霊と同質の存在であった。しかし、ヤマトは亡き父と交わした約束を守るため、これからも寒霊たちと戦い続けることを胸に誓う。