ごく普通の社会人、綾川美空が迷い込んだのは、巨大な図書館だった――。そこはもう一つの現実。司書を名乗る少女、御門リンネが語る世界の終わりと、終末への対抗策。美空は、こことは違う宇宙の存亡を賭けた壮大なプロジェクトに巻き込まれていく。