中学2年生で生徒会の副会長、赤佐雅寛（あかさ まさひろ）は先輩で会長の緑愛梛（みどり あんな）と共に生徒会の業務や学校生活の中で起こる日常の謎を解いていく。 夏休みを迎えたある日、図書館で赤佐と待ち合わせていた友人の山吹薫は天使のような笑顔をした女性に1枚の紙を渡される。その紙を見た赤佐は、ある事件について書いてある紙だと突き止める。 その事件は、生徒会や赤佐達が通う学生たちにとって大きく関わる事件だった。