現代は、魔法と科学が共存する世界。 日本では、糸魚川静岡構造線を境に、東は科学技術が発展した科学界、西は魔法が日常に溶け込んだ魔法界に分かれている。 主人公、時雨零夜（しぐれれいや）は、科学界に住んでいる高校生1年生。時魔法と火属性魔法と水属性魔法持ちだが、自身の身体の弱さで魔法を上手く扱えないでいた。ある日、親友が行方不明になり、親友を探しながら魔法界と科学界を行き来するようになる。