A.C.（アフターコロニー）195年、作戦名オペレーション・メテオ。地球圏統一連合の圧政に反目する宇宙コロニー居住者は、擬装した５機のガンダムを地球に送り込んだ。しかしウイングガンダムに搭乗した工作員ヒイロ・ユイは、大気圏突入のさなか秘密結社ＯＺの上級特尉ゼクス・マーキスに撃墜されてしまう。そして脱出したヒイロは連合高官の娘リリーナに顔を見られ……。この出会いから、運命の輪は回り始めた！