花の女学院生活を満喫する巳散（ミチル）。友人らと共に笑い、泣き、青春を謳歌して、ときに睦みあう。そんな巳散の周りにはいつしか恋愛相談を持ち掛ける女子が集まり、咲かせられない百合はないとして陰では『百花百合』として異名を馳せる存在となっていた。本人にそんなつもりは全くない。崇められても困るばかりだ。 そんなある日、彼女たちの秘密の花園は学園側のある施策、『段階的共学化』によって搔き乱されることになるのだった。