古生物が大好きな少年加瀬木優也は、偉大な科学者にして発明家である祖父加瀬木大介の孫。 彼の反対を押し切り、祖父が開発したタイムマシン『アンモknight』で恐竜時代へ旅立つ。 そこで彼を待ち受けていたのは、謎の機械『ミステリーボックス』を取り付けられた恐竜たちだった。彼は恐竜達が住む世界で起こる危機を乗り越えながら、恐竜達を救うことを決意した。 果たして、彼が目指す先に待ち受けているものは何なのか。そして、恐竜達はなぜあんな機械を取り付けられているのか……。