2050年。日本は改造人間による凄惨な事件が後を絶たなくなっていた。
そんな世の中であっても、祖父と幸せに過ごしていた高校生・梶零斗は、ある日、改造人間により人生を狂わされてしまう。
零斗はこれ以上誰かに自分と同じ思いをしてほしくないと、『改造人間殲滅部隊』通称C-E-Uに入隊を決意する。

これは、人間と改造人間による死闘の物語である。