一九九九年七月。突如出現した宇宙からの来訪者アクエリアン・レギオス。その存在は地球に住む人類に、三十年間という長い年月、断絶と戦争状態を与えることになる。全てから孤立している日本は人型機動兵器エスカ・ロギアを使い、アクエリアン・レギオスとの戦いに挑む。