――ときに二〇九九年。 剣持飛鳥は東京都内の高校に通う二年生。 ちょっぴり、オタク気質だが容姿端麗の美少年。 文武両道で剣道では名が知れた『天才剣士』。 飛鳥は毎日、仲間たちと青春を謳歌していた。 ――しかし、そんな生活も巨大戦艦が日本の富士山に降りたったことで崩壊していく。 これをきっかけに飛鳥の運命は大きく変わり、地球と『銀河帝国メルディアス』の戦いが始まるのだった……。