謎の病が蔓延し、人類は滅亡へと向かっていた。
日本政府は最後の手段として、人類再興の為の計画を発動させた。
やがて、世界から人類は居なくなった。
朝霞駐屯地の地下に造られた巨大シェルター内では人類再興の為の計画が動き出していた。
１５年の月日が経ち、シェルターの扉が開かれた。
病に冒されぬように遺伝子操作された新人類と呼ばれる少女達が地上へと姿を現した。
彼女達は地球の文明、文化を再興させる為に活動を始めた。