人型巨大兵器”ヴァンガード”の存在が当たり前になった未来の日本。やんごとなき諸事情があって日夜ハッキングを繰り返す自称ホワイトハッカーの青年『大神ヒビキ』は、パイロットの養成学校で低迷した成績を残していた。ある夏の日、そんな彼の部屋を、謎の美少女『宇佐美エレン』が訪ねてくる。微妙に常識が欠けている気だるげなその少女は、養成学校が誇る天才パイロットであった。謎を追う青年と謎を抱えた少女の運命が交錯する。