ある夏の日小学校から今まで無遅刻無欠席だった黒兎(くろと)の幼馴染晏奈(あんな)が三日間も学校を休んだ。黒兎とその友人はお見舞いに行くが彼女はいなくなっていた。なぜ彼女がいなくなったのか、何があったのか彼女の部屋に残された日記を手掛かりに黒兎たちは真相へと近づいていこうとする。