日本に住む中学生、輝夜 ミツキは新学年に上がる前の日の事、二つの夢を見る。一つは自分ではない誰かの夢、もう一つはあり得ない自身の家族の夢。 そしてミツキが目覚めたその日、彼女は街で異形の怪物と出会う。しかし、襲いかかる怪物からある青年が彼女を助ける事になる。青年の名は『坂上 桜蘭』、彼はミツキにカラスを追えと言い残し姿を消す。 ミツキが見た夢、謎の怪物、そして彼女を救った坂上 桜蘭と言う青年。それらはやがて、総ての世界を巻き込む最後の戦いへと向かう・・・