2019年に発生した、日本大震災 その地震で、日本各地は大きな被害を受けた 特に東京の被害は甚大で、ほとんどの街が海中に沈んでしまった。 その後、復興事業のひとつとして東京湾内で海中都市が作られた。 その海中都市が完成してから１５年 海中都市の完成した年に生まれ、共に育ってきた少年がいた いつも通りの学園生活を送っていた少年は ある日、転校してきた女生徒に翻弄されていく