独立国「やまと」を宣言した原子力潜水艦「シーバット」。「やまと」の処分をめぐり対立する日米両政府は、ハワイにおいて首脳会談を設けた。しかし交渉は難航、首脳会談の収拾がつかぬまま、米第3艦隊は同盟国である日本の護衛艦隊に対しミサイル攻撃を開始。一方、ソ連艦隊と交戦中の「やまと」は、ソ連空母「ミンスク」直下でソ連潜水艦隊に包囲されていた。「必ず日本はアメリカを乗っ取るぞ！！」