突如出現した謎の飛翔体、ザイ。それは、人類の航空戦力を圧倒した。彼らに対抗すべく開発されたのが、既存の機体に改造を施したドーターと呼ばれる兵器。操るのは、アニマという操縦機構。それは──少女の姿をしていた。 鳴谷慧が出会ったのは真紅に輝く戦闘機、そしてそれを駆るアニマ、グリペンだった。人類の切り札の少女と、空に焦がれる少年の物語が始まる。