巨大な鏡が鏡界獣を映し出し、街を襲う。 日本正規軍が設立した軍事研究施設の一つ、富士砕力研究所は人類の脅威に対抗すべく日夜研究を続ける施設であるとともに、鏡界獣を引き寄せてそれを迎撃する｜平和の境界線《ボーダーライン》であった。 鏡界獣の大規模な侵攻を受け、未曽有の危機に陥った富士砕力研究所。若き防衛司令官のタチバナ涼香は、人類の城壁としての使命を果たすため第三の特機｜翠の巨人《エメーラ》のパイロットを招集する。しかし、適合者の少年志村ケイゴは誰もが心を乱される不思議な風格を纏っていた。 彼の真っすぐな瞳に見つめられるとき、誰もが己と向き合う強さを求められる。そして、それは巨大な鏡に立ち向かうケイゴ自身も同じだった。 親友のタツロー、若き司令官のタチバナ、副官のカツムラ、正規軍のエースことイシガミ、教官のヤジマ。鏡界獣との戦いに、そして志村ケイゴに振り回される登場人物たちは、戦いの末にそれぞれの答えを導き出す。 そして、｜翠の巨人《エメーラ》と共に鏡界獣に立ち向かう志村ケイゴは宿敵と出会う。死闘の果てに希望を見出すことはできるのか。 今、生き残るために戦う者たちの群像劇が幕を開ける。