20xx年、この世界の人口は7割が異能力者が占めていた。その異能力者を専門に対処を行う機関、ゼロニクス… そのゼロニクスが運営、管理を行っている教育機関ゼロアカデミー… すべての異能力者の教育そして能力向上へ向けて活動している。 主人公、名城弥ツカサはこの学園に通うためにゼロニクスが管理している一つの島に来ていた。しかし、平穏な学園生活を送るはずが…