学園の教室で不思議な箱を見つけた主人公のユウキ。 箱の秘密を解き明かすため、彼と友人たちは学園の歴史を探り始めます。やがて彼らは、箱が学園の創設者から伝えられたものであり、その中には学園の未来を左右する重大な秘密が隠されていることを発見します。