中学2年生で生徒会の副会長、赤佐雅寛（あかさ まさひろ）は先輩で会長の緑愛梛（みどり あんな）と共に生徒会の業務や学校生活の中で起こる日常の謎を解いていく。 ある日、生徒会室で赤佐は緑の紹介で、緑と同じクラスで友人の藍葉紫（あいばゆかり）と出会う。2人が修学旅行中に起きたある謎を赤佐に解いてほしいとやって来た。その場に居なかった赤佐が2人の話を聞きながら謎を解いていく。