遠い未来。 テラフォーミングが完了した火星で、普通の少女———言凪ノアは新カマクラ市で普通に暮らしていた。 だがその日常を一隻の海賊船が壊す。 火の海に包まれるノアの街。 そんな中、彼女は導かれるがままに巨人の名を呼ぶ。 ゼオン、と————。 ただの普通の女子中学生だったノアは神秘の巨人ゼオンと共に旅に出る。 世界を救うための旅へ。