2053年、世界は特殊犯罪者「クラプター」の存在を危険視していた。 彼らに対抗するため、日本は魔法化学士と呼ばれる兵士たちを育て上げる。 これは、世界を救済し、そして破滅に導いた、ある魔法化学士の物語――。