沖縄県の手塚島で育った母子家庭の手塚大也は実母の死によって、東京の遠縁の大鳥家に引き取られる事となった。

　大鳥家は大鳥コンツェルンの創業一族で、裏では日本を裏から守る政府機関・大鳥忍軍を率いる忍者一族だった。

　沖縄県の手塚島で忍者の修行をして育った大也は東京に出て、忍者の争いに否応なく巻き込まれるのだった。