あの、「ズートピア」を脅かした大事件の数か月後、ズートピア警察署初のウサギ警官ジュディとキツネ警官ニックは、相変わらず交通違反の取り締まりに明け暮れる毎日。そんなある日、ネズミの町で、とっても高価だけどとっても臭いチーズが盗まれた。誰も担当したくないこの「臭い」事件を、ジュディとニックが解決に導く！謎が謎を呼ぶミステリーを解き明かしながら、コンビの絆も、さらに深まることに！？