世界を救った藤丸立香の前に現れた、新たなる特異点。歴史の歪みを修復するため、１９９９年新宿にレイシフトした藤丸は、「新宿のアーチャー」と名乗る１騎の英霊と出会う。悪が蔓延る街で断片の物語の幕が開く！