今までのネウロイと違う人型ネウロイと出会った芳佳は軍を抜け出し後を追う。しかし軍規違反を犯した芳佳は命令により連れ戻され、軍の上層部の陰謀に巻き込まれてしまうのだった。アニメ第一期シリーズついに完結！