13歳の少年、南雲 青は目を覚ますと、半人半獣のバケモノになってしまった。 記憶の大半を失い、人から追われ途方に暮れたところ、森の塔に住む不思議な少女に拾われる。 そこで青は、バケモノを作り出すという「化物の門」の存在を聞き、自身が半人半獣となった原因を知る。 少女に「自身を人間に戻してもらう」という約束を交わし、彼女の力となって、異界と化した夜の街へ「化物の門」を探す冒険を始める。