二十四世紀のある日、実験用潜宙艦オクタゴンは、亜空潜行中にトラブルを発生、観測員ナギサが緊急脱出装置によって艦外に強制転移させられた。
　一方、後の世に言う安土桃山時代、天正十一年十二月の末、会津の刀工『古川兼定』の三代目、孫一郎は旅の途中、和泉国を訪れる。そこで人さらいに追われる少女を助けようとした際、黒い衣を着た謎の女法師と出会う。彼女こそオクタゴンの観測員ナギサであったのだが、孫一郎はそれと知らず旅の道連れとなる。