2年前に魔法少女・錦野六花が死んだ。それで、かつて魔法少女が戦っていた化け物・デステイカーは蔓延り続ける。主人公・双葉シノは魔法少女の元ナビゲーターの依代である桜木美玲と共に、闇の中でデステイカーを討伐する。