C.E.（コズミック・イラ）73。ザフトと地球連合の戦いが停戦して２年が経った。カガリと共に中立地帯のプラントを訪れたアスラン・ザラは、そこで開発中だった三機の新型ガンダムが何者かによって奪れるのを目撃する！ガンダム強奪犯追討のため出航する、ザフトの新造艦ミネルバ。だがそれは、新たな戦乱への幕開けに過ぎなかった──。