西暦2050年。世界的な食料危機と国家間の摩擦が激化した時突如地底より謎の勢力「ニクボーグ」が襲来した。これを予測し密かに対抗兵器を作っていた金玉寺博士は、スーパーロボット「ダイコーガン」と平和への戦いを1人の少年に託した。