人類は宇宙連合に加盟し、宇宙時代を迎えていた。そんな地球の中の日本。空軍基地が全都道府県に配置され、県境を挟んで近いところにある基地も存在していた。水瀬水基と村崎紫音は日々、戦闘機でスクランブル発射し、担当区域を守っていた。