はるかな未来、『脅威』によって地上は破壊され、遺された人類は天空都市ラピュータにて生き延びながら世界の再生を探っていた。 そんな折、ラピュータの下層ブロックで怪しげな研究が行われているという。 調査に赴くのは二人の聖女。 予知夢の聖女エクレーラ、物理の聖女アンヘリナ。 下層ブロックには何が隠されているのか？ エクレーラの昔の悪友、タミオラは何を知っているのか？ エクレーラは何を思い何をなすのか。