「終わりの時」を迎えつつある時代。人々は錬金術を活用しながら暮らしていた。そんな世界の辺境の街コルセイトに着任した。　錬金術士の少女エスカと青年ロジーは、コルセイト支部の悲願である、街の上空に浮かぶ前時代の未踏遺跡到達を目指して飛行船建造に乗り出す。しかし、かつて中央で飛行船建造に携わり、大事故を起こしたロジーの過去が明らかになって——!?