Pengembaraan baharu bermula! BoBoiBoy dan rakan-rakan kini bertanggungjawab dalam menjaga keamanan galaksi dari markas baharu TAPOPS di Planet Bumi. Dalam masa yang sama, BoBoiBoy juga berhasrat untuk mempelajari rahsia Kuasa Elemental Tahap Ketiga dengan menyusuri jejak langkah Penguasa-Penguasa Elemental yang terdahulu. Pencarian itu bakal membawa mereka menerokai planet-planet yang asing dan mengujakan, serta berdepan dengan musuh baharu yang gagah dan berkuasa.