第二次世界大戦下レイテ沖海戦に参加した重巡洋艦摩耶は、不慮の事故で12000年後の未来に飛ばされてしまう。 未来で大歓迎されった摩耶乗組員達は、発展した未来の技術力により大改装された重巡洋艦摩耶で、再び過去に飛び、戦況を覆すべく奮闘するはずであった。