突如として現れた凶暴な生命体『エレメント』とそれに対抗すべく作られた戦闘兵器『ゾルダキル』を用いた人類の戦いを描いた『ゾルダキル プロジェクト』シリーズ第一弾。主人公・泉コウタロウと幼馴染・星海ソラは対エレメント組織・ヴセアに入隊する。星海ソラは圧倒的センスでゾルダキルのパイロットに就任。前線で活躍する彼女を、コウタロウは心配し続けていた。そして、ある遠征中に今までとは比にならない規格外のエレメントに遭遇して……。