人類、それは地球上で最も進化した生物。しかし、それはあくまで『この地球』での話に過ぎなかった―― 平行世界からやってきた謎の生命体『ボルガード』と、それに対抗するマシン『COREーゼロシステム』その二つと、少年が出会うとき、『魂』の物語は始まる。